El 9 de abril de 1977 se realizó la primera sesión de la Junta Universitaria, órgano colegiado que dio inicio a las primeras gestiones administrativas, políticas y organizativas de la Universidad.

El Ministro de Educación Pública, Fernando Volio procedió a nombrar y a juramentar al primer rector de la Universidad y a los primeros miembros de este Órgano, el cual estuvo integrado de la siguiente manera:

• El Ministro de Educación Pública o un Viceministro: Fernando Volio o Carlos Luis Altamirano.

• El Director de la Oficina de Planificación Nacional y Política Económica o el Director Alterno: Oscar Arias o Fernando Zumbado.

• Rector de la Universidad Estatal a Distancia: Francisco Antonio Pacheco

• Representante del Consejo Nacional de Rectores: Walter Sagot

• Tres profesores con cinco años de experiencia universitaria: Federico Vargas, Chester Zelaya y Rodrigo Gámez

• Como invitados permanentes: Vicerrector Académico, Enrique Góngora y Vicerrector de Tecnología Educativa, Oscar Aguilar Bulgarelli

A partir de ese momento se nombra la primera Junta Universitaria que años después adopta el nombre de Consejo Universitario y pasa por múltiples modificaciones en su estructura interna.

Actualmente (2011) el Consejo Universitario está conformado por la siguiente manera, según el Estatuto Orgánico, en su artículo 16:

• El Rector
• Tres miembros elegidos por la Asamblea Universitaria Plebiscitaria que no son funcionarios de la Universidad.
• Cuatro Miembros internos, electos por la Asamblea Universitaria Plebiscitaria, de los cuales habrá, por lo menos uno de cada Vicerrectoría, quienes no podrán ejercer simultáneamente el cargo de Consejal con el de Vicerrector, Director o Jefe de Oficina.
• Un representante estudiantil electo por el organismo oficial de ese sector.
• Los Vicerrectores y el Auditor podrán asistir a las sesiones del Consejo Universitario con derecho a voz.
• En las sesiones especiales a las que se refiere el artículo 20, participarán con voz y voto el Ministro de Educación Pública y el Ministro de Planificación Nacional y Política Económica.

A continuación un extracto de las principales políticas y cambios organizacionales que se han tomado a lo largo de los años. (Información elaborada con la colaboración de la Máster Marlene Víquez, miembro del Consejo Universitario en tres diferentes periodos (1985-1990; 2000-2010).

a) De 1977 hasta 1982, en la génesis de la Universidad, se destaca el interés por brindarle a la Institución la normativa que requería para su funcionamiento. Se da la aprobación del primer Estatuto Orgánico, del Estatuto de Personal y primeras modificaciones al Estatuto Orgánico en 1981 propuesto por la Junta y aprobado por un grupo muy selecto de Asambleístas.

b) De 1985-1990, destaca la aprobación del Primer Plan de Desarrollo Institucional 1986-1990, sesión 197-80. La reestructuración de la Vicerrectoría Académica, con la creación de la Dirección de Docencia (con las cuatro Escuelas, dándole el estatus de staff a CONCAL y PROCUR, la creación del puesto Profesor con distintas tareas. Consecuentemente, surgen las funciones de Profesor Encargados de Programa y Profesor Encargados de Cátedra. También se crea la Dirección de Investigación (Incluye la Investigación General (4 Cátedras, una para cada Escuela) y el CIDED, el cual se encarga de la Investigación Institucional. Igualmente la creación de la Dirección de Extensión con varias Oficinas, esto para dimensionar el quehacer de la UNED en extensión. Se trataba de un esfuerzo para destacar que las tres actividades sustantivas de una universidad, estaban presentes y al mismo nivel en la UNED. Se impulsa la participación estudiantil y la conformación de la FEUNED. Se realiza el I Congreso Universitario.

c) De 1990-1995, se deben destacar los cambios aprobados para los trabajos finales de graduación, lo cual le permitió al estudiante, no hacer tesis. Otro aspecto importante en este período fue la aprobación de la cuatrimestralización, la cual entra en marcha hasta 1996. En el ámbito elaboral, la aprobación del Reglamento de Dedicación Exclusiva y las políticas de restricción del gasto. Se elaboran propuestas de modificación del Estatuto Orgánico para crear la figura de Asamblea Universitaria Plesbicitaria y Asamblea Universitaria Representativa. Se trata de una política de participación en la toma de decisiones.

d) De 1995-2000, destaca la creación de una Comisión de Reorganización, para la elaboración de una propuesta de reestructuración de la UNED. De ese proceso se elimina CONCAL y la Dirección de Investigación, se "reduce" la Vicerrectoría de Planificación, se amplía la Vicerrectoría Ejecutiva. Se crea la Defensoría del Estudiante. Se impulsa la inclusión de la figura del Congreso Universitario en el Estatuto Orgánico. Además, se dejó aprobado un dictamen para la Asamblea Universitaria en el cual se recomienda la creación de la Vicerrectoría Estudiantil.

Al desaparecer CONCAL, se crea el CIEI. Se impulsan los procesos de autoevaluación de programas. Se crea el CIAC (Centro de Investigación Académica) en la Vicerrectoría Académica.

e) Del 2000-2005, se detiene el dictamen de creación de la Vicerrectoría Estudiantil, se impulsan aún más los procesos de autoevaluación con miras a la acreditación. Se realiza el II Congreso Universitario y el Marco Estratégico Institucional. Se aprueban nuevas políticas sobre Investigación y se crea el CII, el CEMPA y el PAA, lo mismo que las Comisiones de Investigación de las Escuelas y en otras Direcciones. Además, se aprueba el Primer Plan de Desarrollo de los Centros Universitarios y el Primer Plan Académico.

Se fortalece la participación estudiantil en la toma de decisiones. Se crea el Fondo FEUNED y su Reglamento para apoyar la participación estudiantil. Se modificó el Reglamento de los Consejos de Escuelas para fortalecerlos en la función académica. Se establecen condiciones académicas para Encargados de Cátedra y Programa. Se impulsó una política de internacionalización de la UNED, de acuerdo con el dictamen de don Jesús Sebastian.

f) Del 2005 al 2010, se renovó la propuesta de modificación del Estatuto Orgánico. Se realizó el III Congreso Universitario para reafirmar lo aprobado en el II Congreso y en los Lineamientos de Política Institucional 2001-2006. Se crea la Vicerrectoría de Investigación.

Se da una mayor participación de la UNED en las discusiones de temas de interés nacional (TLC, referendum). Se crea la Cátedra el país que necesitamos. Se establece como prioridad institucional el Sistema de información (Personal, Estudiantil, Financiero). Se aprueba el Plan de Internacionalización, un nuevo Reglamento General Estudiantil, un nuevo Reglamento Electoral Universitario. Se aprobó un modelo de transformación para la Vicerrectoría de Planificación. Se creó el Instituto de Formación y Capacitación y Desarrollo Local.

Se incorporó la Junta de Relaciones Laborales en el Estatuto de Personal y el concepto de “acoso laboral”. Se crearon nuevas políticas de desconcentración de Centros Universitarios y para estudiantes privados de libertad.

En el 2007 se declaró a la UNED como Institución Benemérita de la Patria. El Consejo Universitario creo el Premio al funcionario y estudiante distinguido del año y un reconocimiento al Mejor Profesor-Tutor del año, según cada Escuela.