Al crearse en febrero de 1989 la Dirección de Docencia, cuya labor se orientaría fundamentalmente hacia el planeamiento, organización, ejecución, control y evaluación de los  procesos educativos, se integró la Escuela de Ciencias Exactas y Naturales (ECEN), como resultado de la fusión de las antiguas áreas de Matemática, Ciencias Naturales y Tecnología y con las Carreras de Administración de Servicios de Salud y Rehabilitación Profesional.

Inicialmente, la Escuela recibe un solo programa académico (Bachillerato en Administración de Servicios de Salud) y se transforman las originales coordinaciones de curso en cátedras. En ese momento, se aprueba el nuevo reglamento del “Subsistema de Administración Académica” que normó por muchos años  la relación entre cátedras y programas académicos y que la describe como una relación lineal.

Al formarse las escuelas, se crea a su vez, el concepto de  Director de Escuela, que es el promotor base de la creación y consolidación de nuevos programas académicos.

Una vez revisados los estudios de CONARE sobre las disciplinas académicas en que podría insertarse la ECEN y el análisis pertinente con estudios propios de la Universidad y de otras universidades, se inicia el proceso de diseño y aprobación de carreras en:

• Agroindustria,
• Extensión Agrícola,
• Enseñanza de las Ciencias Naturales y Matemáticas,
• Informática,
• Áreas Verdes y Floresta Urbana y
• Manejo de Recursos Naturales.

De éstas, la única que no llegó a consolidarse y ofrecerse al mercado fue la carrera “Áreas Verdes y Floresta Urbana”.

De todo este esfuerzo, en el área agrícola se destaca el surgimiento del primer programa de postgrado de la universidad en la disciplina de la Extensión Agrícola.

Este programa de maestría impulsó la aprobación de reglamentos y convenios marco para el funcionamiento del actual Sistema de Estudios de Postgrado.

Paralelamente, la Escuela buscó alianzas estratégicas con Ministerios, Cámaras de Productores, entes privados y otras instituciones de educación universitaria y para-universitaria, con el objetivo de adecuar la oferta académica a sectores específicos y la posterior firma de convenios y cartas de entendimiento que favorecieran la fluida ejecución de los programas y la inserción de graduados en el mercado laboral.

Actualmente la ECEN está conformada por 2 unidades jerárquicas, tres unidades staff a  la Dirección, 4 unidades staff  a la Escuela, 14 programas y 27 cátedras.