El Consejo Universitario es el órgano directivo superior de la Universidad. Dentro de sus funciones están proponer a la Asamblea Universitaria las modificaciones al Estatuto Orgánico que considere convenientes, determinar las políticas de la Universidad, aprobar los programas docentes, de investigación y de extensión; así como aprobar, reformar e interpretar los reglamentos, conforme con lo estipulado en el Estatuto Orgánico, entre otras.

Según el artículo 16 del Estatuto Orgánico de la UNED, el Consejo Universitario está conformado de la siguiente manera: 

• Rector
• Una persona externa a la universidad, electa por la Asamblea Universitaria Plebiscitaria.
• Seis personas funcionarias representantes de la comunidad universitaria y electas por la Asamblea Universitaria Plebiscitaria.

c.1) Tres personas del sector profesional

c.2) Una persona del sector administrativo

c.3) Una persona del sector docente de jornada especial

c.4) Una persona de sedes universitarias

• Una persona representante estudiantil.

Los vicerrectores,  el auditor  y una persona representante estudiantil podrán asistir a las sesiones del Consejo Universitario con derecho a voz.